La Secretaría Académica tiene a su cargo la coordinación de las actividades académicas relacionadas a las dos carreras de grado y una de pre-grado que se dictan en la Facultad de Ingeniería de la UNER, Bioingeniería, la Lic. en Bioinformática y Tecnicatura Universitaria en Producción de Medicamentos.

Así mismo supervisa el funcionamiento de los departamentos académicos, departamento alumnado, dirección académica, asesoría pedagógica, centro de medios y todo lo relativo a las tareas docentes y su formación.

- Carrera de Bioingeniería - Plan 1993

- Carrera de Bioingeniería - Plan 2008 - Resolución CS 309/07 - Equivalencia con Plan 1993

- Carrera de Licenciatura en Bioinformática - Plan 2004 - Resolución CS 236/10

- Carrera de Licenciatura en Bioinformática - Plan 2013 - Resolución CS 323/12

- Carrera de Tecnicatura Universitaria en Producción de Medicamentos - Plan de Estudio